При Агентстве образуются нижеследующие Комиссии:

- Комиссия по Терапевтическому использованию запрещенных субстанций, деятельность которой направлена на рассмотрение заявок и документов для разрешения к использованию спортсменами запрещенных медикаментов и субстанций и вынесение решений по ним;

- Дисциплинарная Комиссия, деятельность которой направлена на рассмотрение случаев антидопинговых нарушений и вынесение решений по ним;

- Комиссия по Апелляциям, деятельность которой направлена на рассмотрение жалоб (протестов) на решения Дисциплинарной комиссии.

Порядок деятельности Комиссий определяется соответствующими регламентами, утверждаемыми Агентством.