Согласно Положения о Национальном антидопинговом агентстве Узбекистана, к одному из основных видов деятельности агентства относиться расследование случаев возможного нарушения антидопинговых правил.

Отдел расследований применяет на практике обширный опыт расследований неаналитических нарушений. Деятельность Отдела регламентируется законодательством Республики Узбекистан, Положением о Национальном антидопинговом агентстве Узбекистана, Национальными антидопинговыми правилами, Международным Стандартом по тестированию и расследованиям.

Отдел занимается сбором и анализом информации, её проверкой, а также оперативным реагированием в случаях, не терпящих отлагательств. Также в задачи Отдела входит работа с  информаторами и осведомителями, сохраняя их конфиденциальность и поощряя стремление оказать содействие в борьбе с допингом в спорте.